La década de 1990 supuso grandes retos para Colombia, donde prevalecía un ambiente de inestabilidad política y económica en un contexto mundial que favorecía la apertura de los mercados y la implementación del modelo neoliberal. Aunque el fantasma del comunismo parecía acabado con la disolución de la Unión Soviética, nuevos conflictos, como el del Golfo Pérsico, la desintegración de Yugoslavia, las pugnas violentas en varios países africanos, sin ahondar en la violencia de la conflagración nacional, demandaban una transformación sustancial de la sociedad global. Colombia comenzó por la Constitución de 1991, que trató de definir un camino hacia la paz, la democracia y los derechos humanos.

Entre tanto, en EAFIT se configuraban hitos importantes que respondían, precisamente, a esas transformaciones imperantes del momento: una concepción pedagógica centrada en los aspectos cualitativos de los grupos humanos (Calidad Total: el trabajo en equipo, flexibilidad dinámica, y la dimensión social y humana del desarrollo empresarial). Comenzó, además, la reforma curricular que implicaba una flexibilización que permitió a los alumnos escoger diferentes opciones en su currículo con la idea de que cursaran asignaturas de diferentes núcleos del saber y se involucraran de forma activa en su propio proceso de formación. 

No obstante, la Institución ya no solo se adaptaba a las necesidades del país, sino que se repensaba para llegar a ser la conciencia crítica de la sociedad. Esto fue posible, en gran parte, a uno de sus hitos más importantes: la llegada de las humanidades con la creación del pregrado en Música, en 1997, y con este de la Escuela de Ciencias y Humanidades, la tercera en EAFIT, unidad académica que enriqueció el concepto de Universidad por la diversidad de saberes.

Con el avance de esta década la oferta académica siguió consolidándose no solo en Medellín, sino en otros territorios. En 1993 surgió el pregrado en Negocios Internacionales, en 1995 el pregrado Economía, en 1996 Ingeniería de Procesos y en 1999 Ingeniería de Diseño de Producto. Estas carreras nacieron en un momento clave de la economía colombiana, dado que la apertura económica implicaba la internacionalización y el desarrollo tecnológico con conocimiento propio. En este primer quinquenio, específicamente en 1995, inició actividades la nueva sede de EAFIT Pereira y un año después la sede de EAFIT Llanogrande; y la Universidad, junto con otras instituciones de educación superior del país, fue una de las primeras en conectarse a internet a comienzos de la década, con otras universidades del país. 

La alta calidad siguió siendo un propósito. Por eso, en 1997, la Universidad se inscribió con siete pregrados al Sistema Nacional de Acreditación, que se había puesto en marcha en Colombia en 1995. De esta manera, fue la primera institución que se presentó con más de un programa. Ingeniería Civil, Ingeniería de Producción, Contaduría Pública, Ingeniería Mecánica, Geología, Ingeniería de Sistemas y Administración de Negocios fueron las primeras carreras en recibir este reconocimiento público a la alta calidad. En ese mismo año, EAFIT declaró su primera Misión Institucional, que estuvo vigente hasta 2008: “Formar personas comprometidas con el desarrollo integral de su comunidad, por medio de programas de pregrado y de posgrado, dentro de un ambiente de pluralismo ideológico y de excelencia académica, competentes internacionalmente en sus áreas del conocimiento”.

El camino de la Universidad de docencia siguió en marcha. De esta manera, en 1999, comenzó actividades la Escuela de Derecho, con el pregrado en Derecho, la cuarta Escuela de EAFIT. A este hito se sumó, el mismo año, la inauguración del edificio del Centro Cultural Biblioteca Luis Echavarría Villegas, y su Centro de Artes, símbolo del encuentro entre la investigación, la cultura y la academia. Esta infraestructura se ubicó en el corazón del campus universitario de Medellín y fue el eje a partir del que se comenzó a desarrollar la transformación arquitectónica de la Institución.